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学校校本部设有12个学院、2个研究中心，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、米兰官方站网页版、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院、医学技术学院，脑重大疾病研究中心、首都医学科学创新中心。学校现有23所临床医学院（22所附属医院），还设有41个临床专科学院、专科学系，40个临床诊疗与研究中心。
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